Le premier édifice religieux d'Illhaeusern semble avoir été une chapelle construite en 1728 aux frais de la commune et bénie en 1748. La paroisse est rattachée à l'époque à celle de sa commune voisine, Guémar. En 1861, la commune indépendante depuis 1833 fait construire une église dédiée à saint Pierre et saint Paul. Pendant la Seconde Guerre mondiale, le clocher sert de poste d'observation aux Allemands. Des obus tombent sur l'église en décembre 1944.
L'orgue de Curt Schwenkedel est de 1961. Il a remplacé l'orgue de Claude-Ignace Callinet, construit en 1868, qui a été détruit par l’incendie de 1945. Le retable a été réalisé par Christoff Baron en 2008.
Ils ont été réalisés par l'atelier parisien « Artisans du sanctuaire », à partir des dessins de P. Potet.
La communauté protestante d’Illhaeusern, présente dès le XVIIIe siècle, a édifié une première chapelle en 1868. Elle est détruite au cours de la Seconde Guerre mondiale, puis reconstruite en 1952 grâce à la générosité des paroissiens. En 1968, les ateliers Kempf de Logelbach réalisent de nouveaux vitraux d’après des maquettes du peintre Roger Mühl.
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